关于梦
2014年10月9日

常见问题解答

经常问的问题

一般

什么是梦想的“梦想挑战”是什么意思?435manbetxmanbetx261
梦想是代表一个缩写dialogue为[REVERSEËngineering一个ssessments和中号编制方法,但多年来,它已演变成“梦”的协作,共享数据,并开放科学是科学的常态而不是例外。

参与DREAM挑战435manbetxmanbetx261

谁可以参加DREAM挑战?435manbetxmanbetx261
参与DREAM挑战是开放的,除了挑战赛的组4&manbetx261#51;5manbetx织者,管理人员,董事,挑战赛主办方的顾问委员会成员,以及个人所有个人向谁挑战赛主办方,管理人员,董事和挑战组织者的顾问委员会成员报告(作为他们公司的员工。)

你只做DREAM挑战对医疗或生4&manbetx261#51;5manbetx命科学主题?
我们的梦想挑战的利基是转化医4&manbetx261#51;5manbetx学与系统生物学,但重组那个梦已经通过时,第三个专题涉及到“新兴数据”,包括任何种类的数据集,可能是适合制定一个挑战。这是特别重要,因为新的实验技术的出现,而且由于大型数据集的集合。我们有许多类型的数据包括模manbetx261拟网络和实验数据集如基因组序列,RNA-SEQ的数据集,磷酸化测量,全基因组药物诱导的效应的测量,生理变量等处理完毕的挑战

如何找到谁已技能互补,矿山,形成一个团队挑战赛的参与者?
突触平台提供了一个论坛,让参与者可以互相传递 - 这是找到其他参与者的好办法。此外,你当然可以使用任何手段来识别其他参与者。

参与者是如何审核?
面临的挑战是对所有人开放,这是一个社区的球员。我们对参与没有限制,但要求参与者尊重数据的使用条款。如果你想帮助解决问题,并希望工作的志同道合的人,欢迎您的社区。

如何DREAM有4&manbetx261#51;5manbetx组织的挑战?

4&manbetx261#51;5manbetx梦的挑战是设计和研究人员组成的社区的各种组织运行。你知道有多少研究人员和组织?
已经支持挑战的组织在一个这样或那样的许多组织,在他们之中我们应该强调几个:IBM研究支持的努力,自DREAM年初贡献的manbetx261科学领导。贤者生物网络,这是我们最亲密的合作伙伴,除了其科学专业知识,他们借给IT支持和分享我们的开放的科学理念。超过50个组织作出了贡献任何数据,资金或领导促成的梦想挑战的增长。435manbetxmanbetx261挑战组织者可以在100次的计数,挑战参与者在注册和下载数据方面关闭在10,000。约30至50支球队提交给每个挑战的最后意见。

The organizations that have participated in the DREAM Challenges include: Alzheimer’s Foundations, Astra Zeneca, Boston University, Broad Institute of MIT and Harvard, Columbia University, Dana Farber Cancer Institute, EPFL, European Bioinformatics Institute, Genome Institute of Singapore, Global CEO Initiative on Alzheimer’s disease, Harvard University, MD Anderson Cancer Center, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, MIT, Mount Sinai Institute of Medicine, Nature Biotechnology, Nature Genetics, Nature Neurosciences, NCATS, NCI, NIEHS, Ontario Cancer Institute, Oregon Health and Sciences University, PLOS Computational Biology, PLOS One, Prize4Life, Project Data Sphere, Rice University, Sage Bionetworks, Sanofi Aventis, Stanford University, The Brain Tumor Society, TIGEM Telethon Institute of Genetics and Medicine, University of California, San Diego, University of Rostock, University of Toronto, University of Washington, University of Colorado, Virginia Bioinformatics Institute, and Weizmann Institute of Science

谁决定什么样的挑战问题要问,他们如何做出这些决策?
任何人只要有一个很好的问题和数据来回答这个问题,可以提出一个梦想挑战。提案是由一组一组资深的梦想挑战赛主办方的审核。我们期待的是现代生物医学和基础生物学研究的基本问题。我们也保证了有足够的数据,以解决包括可用于攻击评价金标准数据集的挑战。我们还通过论坛,研讨会等要求一般参与者和社会各界虽然它可能会出现运行一个梦想挑战是比较简单的,有很多人了巨大的努力,以确保数据质量高,我们可以得分挑战,有兴趣从老乡梦想家解决问题。

质询问题是如何公示更广泛的社区,以获得正确的人呢?
manbetx261挑战是通过几个网点,包括直接电子邮件和社交媒体的注意事项宣传。我们发布的新闻稿,并在学术会议上讨论的挑战。manbetx261我们与其他机构也做参加者招募合作伙伴很多倍。

多久通常需要回答查问问题?
manbetx261从3-6个月通常是挑战,但是这并不总是意味着挑战都解决了。我们学会从解决问题和社会问题的答案了大量代表了业绩比较基准,我们希望将在提高回答在未来的问题有所帮助。

是否以盈利为目的4&manbetx261#51;5manbetx举办的DREAM挑战?
第DRE4&manbetx261#51;5manbetxAM挑战是完全不以盈利为目的的努力。商业公司都参与了DREAM挑战,但他们不赚钱,而且大多数是实物捐赠的努力决435manbetx策。manbetx261

如何从Kaggle或InnoCentive的DREAM挑战不同?
贤者生物网络与梦想挑战不以营利为目的,而K4&manbetx261#51;5manbetxaggle和InnoCentive公司是非盈利性机构。Kaggle网络和InnoCentive运行挑战人们的manbetx261竞争来解决行业赞助商所带来的问题,以换取可观的现金奖励,以挑战的解决方案是由赞助公司拥有。梦想挑战4&manbetx261#51;5manbetx组织团队是数据科学家跨越大学,研究人员研究机构和行业解决计算/系统生物学和生物医学基础研究问题的一个共同目标的一个开放的社区。梦想挑战4&manbetx261#51;5manbetx是科学研究的“竞争”的科学家科学家研制。这意味着挑战的所有方面都完全由研究界的科学家参与;我们远远超出了一个挑战的“管理”。我们与数据提供商合作:

(i)制定基线模型,以确保在所述数据信号和存活力作为挑战
(ⅱ)规格化和牧师数据
(iii)制定稳健的指标和计分统计
(四)协助与挑战结果发表稿件的写作
通过挑战,科学和后勤的所有阶段(v)的建议。

梦想挑战的最终目标是在比能由任何个人或研究组来完成4&manbetx261#51;5manbetx更快的速度发展围绕挑战,共同推进科学的研究团体。梦想挑战的结果代表了宝贵的标竿资源和社4&manbetx261#51;5manbetx会继续巩固这些资源。这反映在文章引文,已经有超过1000出版物已直接或间接地从梦中挑战催生。435manbetxmanbetx261

我如何能有助于数据来创建一个梦想挑战?
4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战作出新的数据立即可供扩展社区的分析,并且功能强大的工具,以评估其数据类型是最相关的具体的科学问题应答。重要的是,DREAM挑战的4&manbetx261#51;5manbetx结构,以保护数据生产者的其他人谁访问它通过挑战前公布其数据的权利。如果你有兴趣了解更多有关使现有数据为梦想挑战的运行情况,请联系我们在这里

什么是挑战辅助的对等评论?
同行评议过程是评估的科学论文然而大量的科学数据呈现给这种方法的一个巨大的挑战产生的标准方式。事实上,什么是比较用来从这些大的数据集推断生物知识的许多演算方法的最佳方法是什么?并非所有同行评议的知识,也没有获得所需的严谨分析的高性能计算基础设施。4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战使科学数据和结论的验证的更严格的评价达到了。

我希望成为DREAM挑战社会的一部分,我怎么参与?435manbetxmanbetx261
我们欢迎科学家加入我们的社区,并成为我们团队的一部分。新万博提款规则联系我们在这里与你的兴趣和背景。

我想参加

我为什么要参加一个梦想挑战,而不是一个与Kaggle或InnoCentive公司,他们有“真正的”钱我可以赢了吗?
你可以自由地参加或不参加任何你想要的基于挑战的竞争。4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战不是钱的问题,虽然偶尔的现金奖励提供。我们对建筑的研究团体和解决一些基础研究问题。通过参加DREAM挑战你成为一个更大的努4&manbetx261#51;5manbetx力,那里的研究人员互相推发展的最佳解决方案的一部分。社区是来自世界各地的由研究人员,所以你也有机会进行互动和发展与世界知名科学家的关系。很多合作,包括工作,已经从DREAM挑战参与启动。4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战导致顶级刊物和社区所有成员都包括作为作者。4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战也导致正在不断改进基准方法和数据集。在挑战而制定的方法有现实世界的应用程序,如manbetx261疾病进展,药物反应或对癌症基因组突变调用的社区标准发展的预测预报。如果想是通过新的工具,方法和绩效标准,我们希望你能加入我们的社区提供服务的社区的一部分。

你说的“客观的评分”是指谁决定如何做到这一点?
从DREAM挑战的成果,成为两个数4&manbetx261#51;5manbetx据集和方法的标杆社区标准。为了做到这一点,为了梦想挑战的解决方案必须经过严格和客观的打分。435manbetxmanbetx261对于任何给定的计算任务,有解决方案可以评估多种方式。梦想挑战4&manbetx261#51;5manbetx的组织者花大力气发展最强大和最严格的评分中成为可能。这涉及到组织的每个挑战得分委员会。该委员会通过电话会议定期开会讨论可能的得分指标阵列的优点和缺点。不同度量作比较,并确保鲁棒性委员会进行试运行具有委员会的至少两个成员独立地执行得分的方法。评分方法为每个DREAM挑战自主研发,我们征求意见的得分来自社会作为一个整体。梦想挑战4&manbetx261#51;5manbetx组织者想没有什么比一个挑战,用最合适的,公平的方法可以进行评分。我们总是开放的建议。

你为什么要问参与者提交源代码作为最终提交包的一部分吗?DREAM挑战的中心租户是方法中的正式的4&manbetx261#51;5manbetx比较需要在分析透明度和可重复性。的源代码提交允许挑战组织者以确认获奖预测可以使用所描述的方法来复制。它还允许挑战参与者有机会审查对方的代码。

你说的合作是什么DREAM挑战正在努力实现的部分。435manbetxmanbetx261是什么,这是正在发生的方法呢?
4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战强调协作竞争 - 我们的目标是共同前进的科学,面临的挑战是一种工具,在重要问题,把人们团结在一起的样子。因此,虽然往往是表现最好的回报,我们包括出版物的所有参与者和确认的其他手段。另外,我们鼓励不同的参与者建立团队,并且没有限制,因此没有来自不同地方的共同努力,并提出,人们可以走到一起加入挑战。

最后,我们常常标准的挑战,在那里球队能走到一起解决给定的问题后,提出协同回合。manbetx261

为什么我能够将工作与数据之前同意的使用条款?
本使用条款允许您使用新的和未发表的往往数据集工作,同时保护谁做他们的数据提供一个梦想挑战的数据生产者的利益和政策。通常使用的DREAM挑战的条款保护数据生产者发表了一篇关于4&manbetx261#51;5manbetx数据之前从挑战等刊物可以发布的权利。

什么是突触,它是如何支持DREAM挑战?435manbetxmanbetx261
突触正在开发一个科学的数据和分析管理平台贤者生物网络是任何协作数据科学项目提供的免费服务,以科学界。在突触团队的目标是支持数据密集型科学的大规模合作,展示开放科学的强大动力来加速我们的生物学的理解。每个人梦想挑战赛上给定的Synapse一个工作空间,其数据被可靠地容纳,需提交的预测和结果提供回求解。此外,我们鼓励每一个挑战的团队创建自己的Synapse项目来组织他们的工作挑战,并分享他们与其他项目组的方法。

什么是梦想中的挑战使用排行榜好处?435manbetxmanbetx261
该排行榜旨在为与会者介绍了他们是如何做的反馈,而社会是如何做的。怎样及何时排行榜更新的细节为每个挑战决定的,但一般我们认为,快速的反馈是帮助求解器找到一个挑战的最佳解决方案的一部分。

碰巧所有的预测是什么与会者提交的?那些只是为了梦想或者他们的研究团体提供?
我们得分你的预测中面临的挑战,以判断你的表现,在挑战的描述和挑战规则规定。突触的目标是faciitating参与者之间的交流和思想的分布和代码和研究界。正如在挑战规则描述,梦想挑战和Sage生物网络不作任何要求,以条目的所有权或任何知4&manbetx261#51;5manbetx识产权,它可能含有。当提交型号代码,学员应提供给下自己选择的开源许可证。该许可必须允许梦想挑战和Sage生物网络的代码发布给公众4&manbetx261#51;5manbetx通过突触非商业性的研究和开发利用。参赛者可保留版权,他们的代码提交。如果参与者没有提供有关许可的信息,参加者的纪录,须在FreeBSD的许可。

是什么促使人们花时间回答一个挑战?他们得到老板的认可?
表现最出色的团队通过多种方式确认。有一些挑战的现金奖励,但结果是在挑战导致高影响力论文大都学习。manbetx261最常见的答案,为什么研究人员参与,是因为他们有兴趣在解决该领域的重大挑战,因此参与者是社区的奇妙大使,数据驱动的科学。

如何使用他们的答案?你有什么例子?
挑战的结果总是发布用于公共消费的,包括从参赛队伍的基本方法。挑战建立manbetx261能在未来建立在该领域的标杆。4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战,旨在帮助在临床实践中移动。例如,对于前列腺癌DREAM挑战开发的预后计算器将审核为转移性,去势抗性前列腺癌的潜在临床用途。另一个例子包括ALS分层挑战,其中开发的方法正在被审查,以帮助治疗ALS患者。