关于梦
2015年9月23日

DREAMTools

DREAMTools

DREAMTools是一个开源的Python包,用于评估DREAM挑战得分指标。DREAMTools提供了一个命令行界面,使研究人员能够测试在过去的挑战的新方法,以及为得分新挑战的框架。manbetx261

这套工具可以下载这里

我们开发这个工具包是由DREAM挑战社会进行挑战的多样性和已经在过去的挑战被使用的语言过多,manbetx261导致设计的分数提交软件的碎片。435manbetx为了解决这个问题,我们选择了Python作为胶水语言。除了明确的语法和能力按比例放大的软件,Python可以包括已编译代码(例如,Fortran和C)或调用其它脚本语言(Perl中,R)。此外,语言,比如Ruby或MATLAB也可以很容易地转换到Python,这是一个非常宝贵的资产纳入许多原先在MATLAB编码的早期挑战。manbetx261

dreamtools

DREAMTools从库框架(图DREAMTools纸)。4&manbetx261#51;5manbetxDREAM挑战,在描述DREAMmanbetx261Challenges网站那里的研究人员可以得到的过去和目前的挑战的概述。manbetx261每个挑战中的自己的项目页面Synape框架,对挑战的详细信息是可用的。显示在比赛的最后达到基准最终排行榜也显示突触项目。DREAMTools提供了一个Python库可以让研究人员检索每个封闭挑战的模板,并轻松得分反对金本位的预测/模板。在的几行代码,预测的分数随后可以相对于正式排行榜,如在图示的例子中在绿色框在图的右手侧。

表1  -  dreamtools

可用性的DREAM评分函数DREAMTools(表中从内DREAMTools纸)。第一列提供了DREAMTools用来指一个挑战的昵称。我们追求梦想挑战网站的约定和使用昵称,是以形式DXCY,其中X被4&manbetx261#51;5manbetx设置为梦想版和Y设置为挑战数。例如,HPN-DREAM乳腺癌挑战将被称为D8C1。如果一个挑战有子的挑战,我们也将需要提供名称来manbetx261识别它们。
挑战的标题(第二列)和它的突触标识符(第四列)可用于检索所有关于一个挑战的信息。第三列给出DREAMTools内的挑战状态:大部分的挑战得分功能在DREAMTools实现(manbetx261绿盒子);开放的挑战manbetx261尚未公布蓝色框;一对夫妇的挑战没有释放的manbetx261黄金标准,不得执行(红色方框标有“无GS”为无金标准);一些计划在未来的版本中实现(橙盒标记为“TBD”的做)。

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